В поддержке помогли. Если такая ошибка, то надо нажать ОК ОК, выбрать слева "Изменить субъект", в появившемся окне выбрать пункт из графы "Мой субъект отчетности".
После этого с краю слева появится чекбокс (у нас он с названием нашей организации), если включить галочку, то всё появляется и документы можно подписать ЭП (правда сейчас у нас почему-то подпись работает только в Firefox, а в IE и Я.бро сертификат не видит, но это скорее всего уже другая проблема).
Подробнее...